空き家の売却にかかる主な税金は？税率や特例についても解説

空き家を売却したいけれど、どんな税金がかかるのか分からず不安を感じている方はいらっしゃるのではないでしょうか。
実は、空き家の売却にはいくつかの税金や特例があり、事前に知っておくことで負担を減らすことができます。
本記事では、空き家売却時にかかる税金の種類や計算方法、節税につながる特例制度までを解説いたします。
空き家の売却をお考えの方は、ぜひ本記事をご参考になさってください。

空き家の売却にかかる主な税金

空き家を売却する際にどんな税金がかかるのか、事前に知っておきたいですよね。
まずは、売却で実際にかかる税金の種類と計算方法について解説いたします。

譲渡所得税の計算

譲渡所得税は、売却価格から「取得費」と「譲渡費用」を差し引いて算出した、譲渡所得に所定の税率を掛けて求めます。
取得費には購入代金のほか、仲介手数料や設備改良費なども含まれ、建物部分は減価償却後の残存価額で計算する点に注意が必要です。
実際の取得費が不明、または譲渡価格の5%に満たない場合は、概算取得費として譲渡価格の5%を使う方法が認められています。
譲渡費用には、「仲介手数料」「測量費」「解体費」「立退料」「売買契約書の印紙代」など、売却のために直接かかった支出を漏れなく計上しましょう。

復興特別所得税

復興特別所得税は、東日本大震災の復興財源を確保する目的で、2013年分～2037年分までの所得税額に一律2.1%上乗せして課税される附帯税です。
譲渡所得税を計算した後、その税額に掛け算で加算されるため、確定申告書上では別に手計算をおこなう必要はありません。
納付期限は所得税と同じ翌年3月15日で、電子申告を使えばダイレクト納付やクレジットカード納付も選択でき、資金管理がしやすくなります。
なお、所得税が特例で軽減される場合は復興特別所得税も連動して減少します。

住民税が課税される流れ

住民税は売却した年の翌年度に課税され、所得割として譲渡所得に一律5%が上乗せされるため、所得税とは納付時期がずれる点に気をつけましょう。
課税通知書は6月頃に届き、納付方法は普通徴収（自分で納付）と特別徴収（給与天引き）の2つから選択できます。
これらは、確定申告時に希望を申告すると変更も可能です。
普通徴収なら年4回の分割や一括納付を自身で計画でき、特別徴収なら毎月天引きとなり、納め忘れを防げるという違いがあります。
ただし、翌年度に住民税が発生する点を見落とすと資金繰りを圧迫しかねないため、売却代金を受け取った時点で、所得税分と合わせて住民税相当額も確保しておきましょう。

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空き家売却による税率の違い

前章では、空き家売却時にかかる税金の全体像について述べましたが、税率による負担額の差も重要なポイントです。
ここでは、譲渡所得税の税率や所有期間による違い、計算上の注意点について解説いたします。

長期譲渡の税率

長期譲渡所得とは、売却年の1月1日時点で所有期間が5年を超える資産の譲渡を指し、所得税15%と住民税5%を合わせた20%が基本税率になります。
ここに復興特別所得税の2.1%が加算され、実効税率は20.315%となり、売却益1,000万円の場合、税額は約203万円となります。
所有期間は5年経過直後ではなく、5回目の年末を越えた翌年1月1日に判定されるため、売却タイミングの調整が欠かせません。
相続で取得した場合は、被相続人の取得日を引き継げるため、旧所有者の購入時期を示す書類を探しておきましょう。
長期区分にできれば、税負担は短期の半分以下に抑えられるため、資金計画と照らし合わせて売却時期を柔軟に検討することが大切です。

短期譲渡の税率

短期譲渡所得は所有期間が5年以下の場合に適用され、所得税30%と住民税9%を合計した39%が基本税率です。
復興特別所得税を含めると実効税率は39.63%となり、同じ売却益1,000万円でも税額は約396万円と長期の約2倍に跳ね上がります。
短期区分を避けられない場合は、解体費や測量費などを譲渡費用として漏れなく計上し、課税所得を圧縮して手取りの減少を抑えましょう。
さらに、空き家特例による3,000万円控除を利用できれば短期でも大幅に軽減できます。
所有期間だけに頼らず、複合的な節税策を検討する視点が重要です。

取得日不明時の対処法

取得日があいまいな場合は、登記事項証明書の取得日欄や売買契約書、固定資産税課税台帳などを活用し、長期か短期かを客観的に証明しましょう。
書類がない場合、税務署は短期扱いを優先する傾向があります。
古い契約書や領収書は早めに所在を確認し、紛失時は市区町村で再発行を依頼してください。
取得費の概算5%ルールで計算自体は可能でも、所有期間の証明には使えません。
取得日が確定できないままでは短期区分が続くため、譲渡価格の交渉やリフォーム費用の計上など、別の節税策を併用する必要があります。

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空き家売却で使える特例と節税ポイント

ここまで空き家売却にかかる税金や税率の違いを解説しましたが、特例を活用した節税方法もおさえておきましょう。
最後に、適用できる特例や手続き、申告時の注意点について解説いたします。

3,000万円特別控除

3,000万円特別控除は、旧耐震基準で建てられた被相続人居住用家屋を、解体または耐震改修後に売却した場合、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける制度です。
相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却し、譲渡価格が1億円以下であることが主な要件となります。
適用には、市区町村が発行する確認書や解体工事契約書、耐震基準適合証明書などを確定申告書に添付しなければなりません。
2025年以降は相続人が3人以上の場合、控除額が2,000万円へ縮小されるため、多人数相続では早めの検討が重要です。
この控除を受けるには、売却した翌年の確定申告が必須で、申告書には市区町村の確認書や解体工事契約書、耐震基準適合証明書、戸籍の附票、譲渡時・取得時の契約書などの必要書類を添付してください。
譲渡益が3,000万円以内であれば、所得税・復興特別所得税・住民税もゼロとなるため、家計へのインパクトは大きいです。

10年超所有軽減税率

10年超所有軽減税率は、居住用財産を10年以上保有した後に、売却する際に利用できる節税制度です。
住まなくなってから3年目の12月末までに売却することが条件で、課税長期譲渡所得6,000万円以下の部分について、所得税10%・住民税4%まで引き下げられます。
6,000万円を超える部分には通常の長期税率が適用されるため、高額売却時は2段階で計算が必要です。
前年または前々年に同特例を使っていないことも要件となるため、複数物件を売却する場合は適用回数をしっかり管理しましょう。

特例適用の注意点

3,000万円特別控除と10年超所有軽減税率は同一譲渡で併用できないため、事前にシミュレーションしてどちらが有利か比較することが不可欠です。
譲渡益が3,000万円以下なら特別控除で課税ゼロになりやすく、譲渡益が大きい場合や相続人数が多い場合は、軽減税率の方が有利になるケースがあります。
確定申告書には、各特例に応じた書類が必要で、解体費の領収書や耐震証明書、住民票除票などを早めに準備し、提出漏れを防ぎましょう。
特例はどちらも1人1回の利用制限があるため、将来の自宅売却を視野に入れつつ、今回の空き家売却で使うかどうかライフプラン全体で判断することが大切です。

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まとめ

空き家の売却では、取得費や譲渡費用を差し引いた譲渡所得に譲渡所得税が課され、復興特別所得税が加算され、住民税は翌年度に課税されます。
所有期間が5年超なら実効税率約20.315%、5年以下なら約39.63%となるため、売却時期の調整や費用計上で税負担を抑える工夫が必要です。
3,000万円特別控除と10年超所有軽減税率は併用できないため、譲渡益や相続人数を踏まえてどちらが有利か試算し、必要書類を整えて期限内に申告すると良いでしょう。